| 1 |  MFK Karviná a.s. | 10 | 7 | 0 | 3 | 20:12 | 21 |
| 2 |  FK DUKLA Praha a.s. | 10 | 6 | 2 | 2 | 21:15 | 20 |
| 3 |  FK VIAGEM Ústí nad Labem a.s | 10 | 5 | 3 | 2 | 17:11 | 18 |
| 4 |  FC VYSOČINA JIHLAVA, a.s. | 10 | 5 | 2 | 3 | 16:11 | 17 |
| 5 |  Fotbal Příbram a.s. | 10 | 4 | 5 | 1 | 18:15 | 17 |
| 6 |  FC Sellier & Bellot Vlašim, a.s. | 10 | 4 | 3 | 3 | 19:14 | 15 |
| 7 |  SK Slavia Praha - fotbal a.s. B | 10 | 3 | 4 | 3 | 19:17 | 13 |
| 8 |  SK Kladno, z. s. | 10 | 3 | 4 | 3 | 14:14 | 13 |
| 9 |  FC SILON Táborsko a.s. | 10 | 3 | 4 | 3 | 13:13 | 13 |
| 10 |  Slezský fotbalový club Opava a.s. | 10 | 3 | 4 | 3 | 16:17 | 13 |
| 11 |  FK VIKTORIA ŽIŽKOV a.s. | 10 | 4 | 1 | 5 | 10:17 | 13 |
| 12 |  FC Baník Ostrava, a.s. B | 10 | 3 | 2 | 5 | 17:15 | 11 |
| 13 |  1. SK Prostějov, fotbalový klub a.s. | 10 | 1 | 6 | 3 | 13:14 | 9 |
| 14 |  FK Arsenal Česká Lípa,z.s. | 10 | 2 | 3 | 5 | 11:18 | 9 |
| 15 |  FK TŘINEC, a.s. | 10 | 1 | 4 | 5 | 10:18 | 7 |
| 16 |  SK Hanácká Slavia Kroměříž a.s. | 10 | 1 | 3 | 6 | 9:22 | 6 |